提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
泰安手艺人赶制五福糕点迎新年 守护“舌尖上的年味”******
(新春走基层)泰安手艺人赶制五福糕点迎新年 守护“舌尖上的年味”
中新网泰安1月11日电 题:泰安手艺人赶制五福糕点迎新年 守护“舌尖上的年味”
作者 刘小东 付刚 孙婷婷
将小麦细细研磨成粉、过筛,然后将小麦精粉分成两部分,一部分与水搅拌制成水皮,一部分与猪油混合,制成油酥芯,再将水皮、油皮均分成同样大小,把油皮包入水皮,擀成牛舌状,折叠两次,擀圆,包入以九蒸九晒传统工艺制作出的馅料……1月11日,泰山五福糕点传承人亓永利与其他糕点师傅正赶制五福糕点。
泰山五福糕点传承人亓永利正在制作糕点。 司刚 摄当天,在位于山东省泰安市的泰山五福糕点行生产车间内,一股香甜萦绕鼻尖。身穿统一工作服的几名工作人员正分工合作,制作出一盘盘诱人的糕点。在一处工作台上,一名糕点师傅正用精心雕刻的红木模具制作泰山五福糕点,从模具中压制出的糕点,造型各异,有葫芦、寿桃、鱼,以及带有福、禄、寿、喜、财等字样的糕点。
制作糕点使用的模具。 司刚 摄糕点压制成型后,放入烤盘烘烤。烤制出的糕点,饼皮雪白,口感软糯,满是麦香清新气息。
泰安手艺人制作的五福糕点。 司刚 摄在亓永利看来,泰山一带向来有浓厚的平安“福”文化,因此泰山五福糕点结合泰山文化,将“富贵、长寿、康泰、民安、善终”的五福文化融入,制作出了具有泰山饮食文化特色的泰山五福饼。
泰安手艺人将制作好的饼胚放入烤箱中。 司刚 摄“春节临近,我们制作的泰山五福糕点也进入了热销期,尤其是糕点蕴含着‘泰山五福’文化,非常受消费者青睐。”亓永利告诉记者,泰山区非物质文化遗产泰山五福糕点制作技艺制作出的产品有牛舌饼、蜜三刀、枣花饼、鸡蛋糕、宫廷桃酥等,造型均取自南宋古籍图画,并使用传承下来的红木模具纯手工制作。
泰安手艺人制作五福糕点所使用的芝麻、玫瑰花等食材。 司刚 摄“我们使用的模具,有家族传承下来的,也有四处收集来的,有的模具甚至有长达百余年的历史。这些模具制作精细,每一道纹路都是当年的糕点师傅精心雕刻,用这些模具制作出来的糕点样式精美。”亓永利介绍说,泰山五福糕点采用的原材料均为泰安当地特色农作物,如板栗、核桃、桃花、女儿茶、徂徕山散养山鸡蛋等,是地道泰安特产。
泰安手艺人制作的五福糕点。 司刚 摄“泰山文化博大精深,作为中式糕点的传承人,我将积极响应中式糕点复兴,继续深入挖掘泰山文化,坚持创造性转化、创新性发展。”亓永利称,他将把中式糕点制作和泰山文化结合,不断研发泰安本土特产,保护传承泰山饮食文化。(完)
(文图:赵筱尘 巫邓炎) [责编:天天中] 阅读剩余全文() |