提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
在厦门五通客运码头听台胞话“期待”:让回家路更顺畅******
(新春见闻)在厦门五通客运码头听台胞话“期待”:让回家路更顺畅
中新社厦门1月29日电 题:在厦门五通客运码头听台胞话“期待”:让回家路更顺畅
中新社记者 杨伏山
“希望两岸往来可以像以前那样方便,让我们的回家之路可以更顺畅一点。”29日,厦门五通客运码头出发大厅里,春节前搭乘厦(门)金(门)航线航班从金门返乡过年的陆配李小姐正在候船,准备回到金门,“这是我们嫁到金门的人的心声。”
2013年,李小姐从福建石狮嫁到金门。新冠疫情之前,她每年都从金门回老家过年,“而且,随时都可以回来”。
2020年2月以来,两岸“小三通”客运航线停航。在台湾社会各界持续强烈呼吁之下,今年1月7日,两岸“小三通”客运航线部分复航。李小姐在接受中新社记者采访时表示,希望两岸“小三通”客运航线可以一直持续开下去。
对于元宵节过后两岸“小三通”客运航线可能又“停摆”,正在候船的金门人洪先生说,期待继续开通,因为这样可以大大满足他们往返两岸的需求。
“我不想再舟车劳顿,绕一大圈才能往返金厦之间。”洪先生说,他真心的期盼就是两岸“小三通”全面复航,使他们能像以前一样,“早上8点过来,傍晚6点半回家。”
5年前带领一个创业小团队从金门来到厦门的卢莉莉,现为中国民生银行厦门金榜支行行长。受益于两岸“小三通”带来的便利,她以前基本上隔一天就回家一趟。她对记者说,她要向台湾朋友再次呼吁,让两岸“小三通”早日全面复航。
已三年多没有返台的厦门市台商投资企业协会会长、厦门东亚机械工业股份有限公司董事长韩萤焕,今年依然被挡在循两岸“小三通”航线回家之外。他表示,他的新年期待是两岸“小三通”全面复航,促进两岸之间更大的交流。
目前,大陆各方面早已全力以赴为两岸“小三通”客运航线全面复航做好各项准备。据福建省台港澳办透露,自1月7日复航至1月29日,厦金航线运营46航次,客流量3003人次。
当天,中共中央台办、国务院台办主任宋涛,来到厦门五通客运码头出发大厅,看望正候船返金门的台胞,给台胞们拜年。
与正在候船的一名金门小伙子握手后,宋涛问他,回家之路方便吗?金门小伙答道,现在航班少,如果能回到像过去一样,每隔半小时有一班,就更方便了。
宋涛表示,“一家人,常来常往,才能越走越亲”。我们要全面恢复“小三通”和两岸正常交流往来,符合两岸的民意。
对此,金门县长陈福海表示会一起努力,他说,金门与厦门,就是一家人。身旁金门民意代表陈玉珍也指着出发大厅背景墙屏幕上的十个大字说,两岸一家亲,同心共圆梦。(完)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)